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基因组DNA进行建库及测序

重测序项目对目标样本的基因组DNA进行建库和测序,然后通过生物信息学分析将测序数据比对到参照基因组上,从而得到大量的遗传变异信息。
常见的应用方向是GWAS、突变微点定位、遗传进化等。

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2014Xu,Identification of candidate genes for drought tokerance by whole genome resequencing in maize

全基因组重测序特点

与芯片KASP等标记检测方法相比,重测序项目有两个主要区别。

一是重测序可以检测出目标样本中所有可测到的遗传变异,其中很多可能是全新的变导位点, 但是芯片和KASP等技术只能检测已经设计好并且验证过的变导位点。

二是重测序可以发现大量的遗传变异位点,一般来说芯片能够达到几万到几十万的标记密度,但是重测序一般可以产生百万以上级别的标记密度。

所以对于标记密度要求很高或者群体多态性特殊的项目来讲,重测序是一个很好的选择。


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全基因组重测序流程

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项目时间


环亚娱乐标记从收到样本到完成客户所需的分析一般需要30天到60天不等,如果客户需要订制化服务则可能需要更长的时间。


经典案例

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韩斌院士研究组对517个大米地方种进行重测序得到了大约360成个SNP标记,并利用SNP标记对14个农艺性状进行了全基因组关联分析(GWAS)。

技术路线总结

 1.收集大量高多态性材料组成自然群体

2.对自然群体进行重测序

3.通过生物信息学分析得到大量SNP标记

4SNP标记功能注释、Imputation、群体结构分析

5.进行GWAS分析,得到每个性状相关联的QTL


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