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全基因组关联分析(GWAS)


全基因组关联分析(GWAS)在全基因组范围内挖掘与目标性状相关联的分子标记。

显著标记可以作为候选位点进行精细定位、功能验证,或者用于分子辅助环亚娱乐ag88。GWAS一般使用自然群体,也可以使用环亚娱乐ag88过程中积累的数据。

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技术特点


与其他性状关联位点定位技术例如双亲群体QTL定位和BSA等相比,GWAS的有以下几点特点。

GWAS使用自然群体,所以其结果在一个很广泛的血缘范围内有效,不会有双亲本群体定位的QTL在其他血缘的适用性问题。

自然群体的连锁区段一般会比低代双亲群体要小,能够定位到更精细的区段。

GWAS一般基于测序或者芯片技术检测分子标记,所以标记密度一般会比较大。另外GWAS还有无需构建双亲群体、可以利用环亚娱乐ag88过程中积累的数据等特点。

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技术流程


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技术应用

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该文章通过对517个大米地方种的测序得到了大约360万个SNP标记,然后利用这些标记对14个农艺性状进行了全基因组关联分析(GWAS)。

群体结构分析将所有材料分为了Indica和Japonica两个大群,每个大群又可以各自分为3个亚群。

群体结构分析与材料的实际地理来源基本能够符合。

Indica和Japonica材料之间有着明显的遗传距离,所以该文对Indica群体单独进行了GWAS分析。

由于群体结构的存在,文章选用Compressed MLM算法来控制定位结果的假阳性。

最终找到了很多与重要农艺性状相关联的分子标记。

有些定位的标记与已经发表的基因定位结果能够很好地吻合,以此证明了该项目定位结果的可靠性。

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